"معهد بحوث القطن" هو أحد معاهد "مركز البحوث الزراعية" في "وزارة الزراعة واستصلاح الأراضي"، جمهورية مصر العربية.
ومن أهداف المعهد: الاستمرار في استنباط أصناف جديدة من القطن المصري تتفوق على الأصناف المنزرعة تجارياً في المحصول وصفات الجودة، والعمل على استنبـاط أصناف جديدة تتحمل الظروف الصعبة وتكون مقاومة للآفات ومبكرة النضج، إلى جانب المحافظة على النقاوة الوراثية والقدرة الإنتاجية وصفات الجودة للأصناف المنزرعة تجارياً من خلال تجديد سلالاتها سنوياً، وتحسين طرق تقييم الجودة بصفة متواصلة بما يدعم كفاءة برامج التربية والمحافظة، وتقييم المستويات الغزلية للأقطان التجارية سنوياً بما يدعم حسن استخدامها في الصناعة الوطنية، والترويج لها في السوق الخارجي.
