يقع مقر "وزارة الصحة الاتحادية" في الخرطوم، جمهورية السودان. وتسعى إلى توفير خدمات صحية ذات جودة مقبولة وبالتقنية المناسبة من خلال: وضع السياسات والمستويات والمعايير والتشريعات الصحية بما فيها السياسات التي تحقق العدالة وتخفف من حدة الفقر، وبناء قدرات النظام الصحي اللامركزي (القيادة، والموارد البشرية، والبنيات التحتية، والتمويل للخدمات)، إلى جانب تنسيق العمل الصحي وتحريك وبناء الشراكات مع الجهات ذات الصلة بالصحة محلياً وإقليمياً ودولياً بما فيها القطاع الخاص والمجتمع، وتنظيم إجراء البحوث وتعميم ثقافة البحث، ووضع السياسات والخطط على مرجعية تستند على أدلة وبراهين علمية.