تأسست "دائرة جمارك الفجيرة" عام 1983.تتمثل مهمتها الأساسية في توفير الحماية للمجتمع المحلي وزيادة الإيرادات وتسهيل التجارة الخارجية من خلال تقليل المخاطر الأمنية الناشئة عن السفر والتجارة الدولية.كما تشمل مهمتها تحديد وتطبيق الإستراتيجية الجمركية الخاصة بإمارة الفجيرة وتعزيز قدرة الإمارة على المنافسة في مجال التجارة الخارجية وتحصيل الرسوم الجمركية والإيرادات، بالإضافة إلى تسهيل حركة البضائع والأشخاص عبر المنافذ الجمركية عن طريق تطبيق أرقى الممارسات الجمركية المعتمدة عالمياً.تتوزع خدمات الدائرة على تسعة أقسام جمركية منتشرة في أرجاء الإمارة ما بين المنافذ البحرية والجوية إضافة للمناطق الحرة وقسم العمليات في مقر الدائرة وقسم الموانئ في ميناء الفجيرة ودبا وثلاثة مناطق حرة وقسم مطار الفجيرة الدولي وقسم الشحن بقرب مطار الفجيرة وقسم البريد في مقر البريد المركزي في الفجيرة.تعمل "دائرة جمارك الفجيرة" على حماية المستهلك عبر كشفها لتهريب المواد التجارية المقلدة أو المضرة بالصحة العامة وحماية المنتجات المحلية بفرض الضرائب الجمركية، وحماية المجتمع من المخالفات المتمثلة بالتهريب الجمركي و إدخال المواد الممنوعة، كالمخدرات ، وتقوم بهذه الإجراءات بالتعاون مع الجهات الحكومية المختصة، كالإدارات الصحية والمحاجر البيطرية والشرطة وحرس السواحل وغيرها.تستخدم الدائرة أحدث أجهزة الكشف والبرامج لأجل تطوير العمل وتسهيل عمليات التفتيش الجمركي وإنجاز المعاملات بسرعة ودقة، حيث تنوع الأجهزة المستخدمة في الأقسام الجمركية، كأجهزة التفتيش الثابتة للشاحنات والحاويات والتي تعمل بالأشعة السينية وأجهزة الكشف الثابته والمتحركة لتفتيش الامتعة الشخصية.