أحدث "مستشفى الأطفال الجامعي في دمشق" بموجب المرسوم التشريعي رقم /13/ لعام 1978، واعتبرت هيئة عامة بموجب القانون رقم /23/ لعام 2000، الجمهورية العربية السورية. وهي هيئة عامة مستقلة ترتبط بـ"وزارة التعليم العالي" إدارياً وبـ"كلية الطب - جامعة دمشق" علمياً، تعمل على تدريب طلاب الطب والدراسات العليا والبورد العربي، بالإضافة إلى طلاب وطالبات المعاهد المتوسطة الطبية و"مدرسة التمريض"، كما يقدّم المستشفى الاستشارات الطبية والخدمات العلاجية. ويضم المستشفى الأقسام والشعب الطبية التالية؛  "قسم المخبر"، و"شعبة الأمراض الإنتانية والعزل"، "شعبة أمراض الدم والأورام"، و"شعبة الأمراض العامة"، و"شعبة الأمراض الجراحية"، و"شعبة الخديج والوليد"، و"شعبة الإسعاف والعيادات الخارجية والإقامة المؤقتة"، كما تضم الوحدات الطبية التالية؛ "وحدة التشريح المرضي"، و"وحدة الأشعة"، و"وحدة الأمراض الوراثية والصبغيات"، و "وحدة أمراض الهضم والتنظير الهضمي"، و"وحدة العناية المشددة"، و "وحدة الكلية الاصطناعية"، و"وحدة زرع الكلية".