تأسس "المستشفى الوطني بطرطوس" (الهيئة العامة لمشفى الباسل بطرطوس سابقاً) بموجب المرسوم التشريعي رقم /65/لعام 2003.وهو هيئة عامة تتمتع بالشخصية الاعتبارية والاستقلال المالي والقانوني، يهدف إلى تقديم أفضل الخدمات الصحية وتحقيق الرضا والقبول من قبل المستفيدين من الخدمات.في 25 ديسمبر/كانون الأول 2024، أصدر رئيس مجلس الوزراء محمد بشير قراراً بتغيير اسم المستشفى من "الهيئة العامة لمشفى الباسل بطرطوس" إلى "المستشفى الوطني بطرطوس".