تأسست "مؤسسة الموانئ والجمارك والمنطقة الحرة" عام 2001 نتيجة دمج " دائرة جمارك دبي" مع "سلطة الموانئ والمنطقة الحرة في جبل علي".وهي إحدى المؤسسات التابعة لـ"حكومة دبي"، وتتضمن عدداً من الكيانات والسلطات التي تعمل تحت مظلتها وتشمل هذه الكيانات الموانئ الرئيسية في دبي مثل: "ميناء راشد"، "وميناء جبل علي" و"ميناء الحمرية" والتي تديرها سلطة موانئ دبي، بالإضافة إلى "دائرة التخطيط والتطوير -تراخيص"، و"سلطة مدينة دبي الملاحية"، و"مكتب الوكيل الملاحي للسفن الخشبية"، إلى جانب الذراع الاستثماري والذراع الأمني للمؤسسة والمتمثلان في إدارة الاستثمار وإدارة الأمن.تقوم بتسهيل وتعزيز التحول الاقتصادي في دبي من خال عمليات ولوائح تنظيمية وحلول مبتكرة تساهم في ضمان أنشطة تجارية مستدامة بما يتوافق مع معايير شهادات الأيزو، والمعايير العالمية على سبيل المثال: المدونة الدولية لأمن السفن والموانئ، والقوانين المحلية والتشريعات ذات الصلة.يعمل تحت مظلة المؤسسة في الوقت الحالي نحو 514 موظف في جميع كياناتها، يقدمون الخدمات إلى فئات مختلفة تشمل الشركات والتجار والأفراد من عشرات المواقع في إمارة دبي.